<ソースコード利用に関する禁止事項・注意事項>

当サイトで公開されているソースコードは学術利用目的でのみダウンロードを許可します。無断転載，再配布，商用利用を固く禁じます。

<Precautions and prohibition regarding the use of source code>

You can download and use the source code published on this web site only for academic purposes. Unauthorized reproduction, redistribution, or commercial use is prohibited.

<Development environment>

• platform: win-64
• OS: Windows10.0.19041
• Anaconda version: 4.9.2
• Python version: 3.7.9

<Source code>

3d reconstruction of a plant [primary download site]

• 植物の三次元再構成モデルを生成するソースコードです。
• 対象植物をターゲットパターンと共に撮影した動画像を入力すると、植物の三次元再構成モデルのzスライス画像が出力されます。
• ターゲットパターンおよびパラメータ情報についてはPlant and Cell Physiologyに掲載の論文(Kunita et al., submitted)の付録を参照してください。
• シルエット画像の生成方法は入力画像の特性によって変わります。ご自身の画像特性に応じて、module_sfs.py内のget_volume_intersection関数を書き変えてご使用ください。

• It is a source code to generate a 3d reconstruction model of a plant.
• The input data is the movie of a plant with the target pattern. The output data is the z-slice images of the 3d reconstruction model of the plant.
• The target pattern image and parameters are published in the paper (Kunita et al., Submitted) of Plant and Cell Physiology.
• The process of generating silhouette images depends on the characteristics of the input image. You need to rewrite the code based on your input image characteristics in the function of get_volume_intersection in module_sfs.py.

3d skeletonization [primary download site]

• 植物の三次元再構成モデルのスケルトン化を行うソースコードです。
• 植物の三次元再構成モデルのz-stack画像を入力すると、そのスケルトン化されたz-stack画像画像が出力されます。

• It is a source code for skeletonizing a 3d reconstruction model of a plant.
• The input data is the z-stack image of the 3d reconstruction model of a plant. The output data is the skeletonized z-stack image.

3d curvature analysis [primary download site]

• 植物の三次元再構成モデルのスケルトン化データから、スケルトンのセグメンテーションおよび曲率解析を行うソースコードです。
• 三次元曲率の算出方法についてはPlant and Cell Physiologyに掲載の論文(Kunita et al., submitted)を参照してください。

• It is a source code for the skeleton segmentation and curvature analysis from the 3d skeleton.
• The curvature formula is published in the paper (Kunita et al., Submitted) of Plant and Cell Physiology.

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