SOM_PAKによるクラスタリング

コンパイル
- Linux (pw) でやる場合．
- Mac OS X でやる場合．
サンプルの使い方
Tips
ダウンロード・参考サイト

コンパイル / Linux(pw)でやる場合

X11.app を起動し，「ssh -X11 pw0xx」としてログイン．

全ての作業は pw 上でやってください．
利用する pw は，【pw0 + 学籍番号下二桁】とします．
例えば，学籍番号085788の学生は pw088 を利用してください．

ログイン後，以下のコマンドを実行してコンパイル．

macbook> ssh -X pw001       # 学籍番号 xxxx01 の場合．
pw001$ wget http://www.cis.hut.fi/research/som_pak/som_pak-3.1.tar
pw001$ wget http://ie.u-ryukyu.ac.jp/~tnal/Job/som_pak/som_pak_sample.tgz
pw001$ tar xvf som_pak-3.1.tar
pw001$ tar xvfz som_pak_sample.tgz
pw001$ cp som_pak_sample/* som_pak-3.1/
pw001$ cd som_pak-3.1
pw001/som_pak-3.1$ make -f makefile.unix

コンパイル / Mac OS X でやる場合

2014年11月24日現在，Mac OS X 10.9.5 で動作を確認．

ログイン後，以下のコマンドを実行してコンパイル．赤字は Mac OS X 時にのみ実行するコマンドです．

macbook> wget http://www.cis.hut.fi/research/som_pak/som_pak-3.1.tar
macbook> wget http://ie.u-ryukyu.ac.jp/~tnal/Job/som_pak/som_pak_sample.tgz
macbook> wget http://ie.u-ryukyu.ac.jp/~tnal/Job/som_pak/som_pak-3.1.patch
macbook> tar xvf som_pak-3.1.tar
macbook> tar xvfz som_pak_sample.tgz
macbook> cp som_pak_sample/* som_pak-3.1/
macbook> patch -p0 -d . < som_pak-3.1.patch
patching file som_pak-3.1/fileio.c    #パッチ適用ログ．この4行が出力されればOK．
patching file som_pak-3.1/fileio.h
patching file som_pak-3.1/lvq_pak.c
patching file som_pak-3.1/makefile.unix
macbook> cd som_pak-3.1
macbook/som_pak-3.1> make -f makefile.unix

make時に以下のようなエラー（getlineが重複宣言されて衝突している）が出るのなら、

gcc -O2   -c -o vcal.o vcal.c
In file included from vcal.c:26:
In file included from ./datafile.h:28:
./fileio.h:69:7: error: conflicting types for 'getline'
char *getline(struct file_info *fi);
      ^
/usr/include/stdio.h:440:9: note: previous declaration is here
ssize_t getline(char ** __restrict, size_t * __restrict, FILE * __restri...
        ^
1 error generated.
make: *** [vcal.o] Error 1

次のように実行しよう。by SOM_PAKのインストール ubuntu11.10 / Cygwin

macbook/som_pak-3.1> find . -name \*.c -exec perl -p -i -e 's/getline/getline_rename/g' {} \;
macbook/som_pak-3.1> find . -name \*.h -exec perl -p -i -e 's/getline/getline_rename/g' {} \;
macbook/som_pak-3.1> make -f makefile.unix

サンプルの使い方

事例データを準備する．書式の例は animal.dat（参考サイト）を参照．
シェルスクリプトcommand.shを使ってクラスタリング．
```
som_pak-3.1$ ./command.sh animal
```
クラスタリング結果を確認する．
- Linux (pw) の場合
```
pw001/som_pak-3.1$ eog animal.png
```
- Mac OS X の場合
```
macbook/som_pak-3.1> open animal.ps
```
属性値毎に切り出したマップ（それ以外の属性を非表示にしたマップ）を確認する．
animal.dat(属性数16)の場合，以下のファイルが作成されます．各図を参照してください．
- animal_p1.eps, animal_p1.png: 属性1(小さい)
- animal_p2.eps, animal_p2.png: 属性2(中ぐらい)
- ...
- animal_p15.eps, animal_p15.png: 属性15(泳ぐ)
- animal_p16.eps, animal_p16.png: 属性16(草食性)

Tips

各コマンドの詳細な使い方は？

実行ファイルのソース，例えば umat であれば umat.c の冒頭部分に記載されています．オフィシャルサイトでもドキュメントが公開されています．

学習がうまくいってないように見える場合には？

qerror コマンドを使って学習後のエラー率を確認してください．エラー率が高いようであれば，command.sh スクリプト内の変数を変更して実験してみましょう．主なパラメータは以下の通りです．

マップサイズの変更
近傍半径の変更
学習回数の変更
学習率係数の変更

convert が動いていない場合には？

convert は ImageMagick に含まれるコマンドです．EasyPackage を利用して，「graphics/ImageMagick」をインストールしてください．

ダウンロード・参考サイト

パッケージ本体: SOM_PAK AND LVQ_PAK
Mac OS X 用パッチファイル: som_pak-3.1.patch
サンプルソース: som_pak_sample.tgz
参考サイト: 自己組織化マップ(Self-Organizing Maps)の基礎
サンプルソース内の animal.dat は上記参考サイトの例題です

supported by Naruaki TOMA (tnal@ie.u-ryukyu.ac.jp), last modified: 2014-11-24